Quand Clémence Hébert retourne à Cherbourg, sa ville natale, c’est pour filmer ce qui subsiste de son père, mort d’alcoolisme dans l’incendie de son appartement. Quelques photos, des lettres, des vidéos familiales. En confrontant ces archives aux portraits de ses proches, elle met en scène la rencontre entre le passé et le présent et tente de renouer avec ce qu’elle a fui. La caméra passe de main en main, des parents aux enfants, des vivants aux morts… Le film de famille se complète et l’histoire d’une lignée se révèle. Cherbourg est une ville portuaire et les hommes de cette famille sont marins pêcheurs. Le bateau du père est un film sur le deuil du père, de l'enfance et du paradis perdu.